创新科研组织模式。改革管理机构和工作机制，建立项目管理中心、产学研办公室、社会科学处等职能机构，为师生科研工作和科技成果转移转化提供更加到位、更加优质的服务和支撑。加强基层科研组织建设，印发关于基层科研组织建设的指导意见，厘清学院科研和教学管理体系，发挥学院办学主体作用。创新科研组织申报模式，支持学科建设和基地平台建设，组建交叉性科研团队，组织跨学科、跨校、跨国智库平台，建立集成化、综合化、交融化的新型科研组织，变“单兵作战”为“协同作战”。
改革科研评价体制。坚持分类评价与政策激励相结合，优化资源配置，强化科研投入产出管理，建立健全以创新、质量和效益为主线的多元化评价体系。坚持个人评价与团队评价相结合，建立跨学科、跨学院、跨学校合作评价制度，充分承认、公正对待成果参与人在合作研究中的实际贡献。基础研究重点考核科研成果，重视同行评价或国际评价；应用研究和前沿技术研究重点考核承担国家或横向大项目、获得专利技术及转让情况；人文社科领域试点长周期考核，让教师安心做学术、从容出成果。
强化科研保障体系。健全科技决策咨询制度，完善校学术委员会及其分委会的组织工作机制，突出学术委员会学校最高学术机构地位，充分发挥其对学校学术事务的决策、审议、评定和咨询作用。设立原始创新和学科交叉基金、科技领军人才和创新团队培育基金，出台基础研究奖励办法，激励产出重大原创性科研成果。完善自主创新政策措施，出台专利技术转让和承担大项目的奖励办法。加强重点科研基地建设，实施省部级实验室运行基金计划，加强科研基地服务支撑能力建设。健全可持续发展科研体系，通过支持基础研究、提升青年教师科研能力、设立“重大研究课题引导计划”等进一步培育科研新的增长点。
鼓励科研成果转化。加强科研过程管理，打造科学规范的项目、合同、经费管理体系。完善成果转化机制，明晰审批手续和流程，改革成果处置权、收益分配权和成果转化方式，最大化调动广大教学科研人员的成果转化积极性。拓展成果转化渠道，加强与政府部门、企事业单位沟通对接，支持高端品牌论坛、高水平杂志等平台建设，联合设立智库合作平台。联合社会各方资本，设立西交科创基金、种子基金、材料基金等总规模7亿的创投基金，与校友共同发起设立科技双创基地，已孵化36家科技企业。